Наукова діяльність є невід’ємною складовою діяльності інституту, яка забезпечує зростання його іміджу та сприяє підвищенню рейтингу ЗІЕІТ серед вищих навчальних закладів України. В інституті сформувалися власні наукові школи з питань економіки, управління, комп’ютерних технологій, викладання іноземних мов.
За роки існування в ЗІЕІТ суттєво розширилися напрями наукових досліджень. Тільки за останні п’ять років науковцями інституту виконано держбюджетних науково-дослідних робіт на суму більше ніж 6 млн. грн. Дослідження виконувалися на замовлення Міністерства фінансів України, Міністерства економіки України. З метою здійснення фундаментальних і прикладних досліджень у 2007 р. ЗІЕІТ заснував Центр прикладних досліджень і розробок «Відкрита економіка», який у вересні 2011 року перетворений в Лабораторію досліджень проблем міжнародної безпеки та безпеки бізнесу. Результати досліджень Лабораторії знайшли відображення у рекомендаціях та публікаціях Міжнародного науково-практичного семінару в 2008, 2011 та 2012 роках.
Науково-дослідна робота студентів у Запорізькому інституті економіки та інформаційних технологій є однією з найважливіших форм навчально-виховного процесу. Наукова лабораторія, гуртки, студентські наукові конференції, олімпіади, конкурси, круглі столи – спрямовані на залучення студентів до активної наукової діяльності. Результати спільних прикладних досліджень професорсько-викладацького складу та студентів відображаються у роботі академічного технологічного бізнес-інкубатора створеного в інституті у 2011 році.
Чисельність фахових публікацій за останні п’ять років складає понад 455 статей, 26 монографій і навчальних посібників. За останні три роки захищено 3 докторських та 14 кандидатських дисертацій. Підготовлено до захисту в найближчий час 3 докторських та 10 кандидатських дисертацій.
Результати наукової діяльності кафедр публікуються в українських та зарубіжних економічних фахових та індексованих виданнях та у загальноінститутському збірнику наукових праць «Проблеми підвищення ефективності функціонування підприємств різних форм власності», у наукових збірниках праць «Структурна перебудова економіки регіонів України», «Моделювання бюджетної політики в процесі структурної перебудови економіки», «Програмування структурно-інституціональних зрушень на інноваційних засадах», в виданнях опублікованих спільно з ДУ «Інститут регіональних досліджень ім. М.І. Долішнього» Національної академії наук України та в виданнях, які внесені до міжнародних наукометричних баз данних «Barometr Regionainy», «Регіональна економіка».
Інститут активно співпрацює з провідними науковими установами та ВНЗ України, країн Європи, серед яких: Інститут економіки та прогнозування НАН України, Інститут демографії та соціальних досліджень ім. М.В. Птухи НАН України, Інститут економіки промисловості НАН України; Академія фінансового управління при Міністерстві фінансів України; Регіональні філіали Національного інституту стратегічних досліджень (м. Львів); Волинська торговельно-промислова палата; Запорізька торгівельно-промислова палата; університет Лідсу (Велика Британія); університет Бредфорду (Велика Британія); Вища школа економіки Аlmamer (Польща); Університет економіки та інформатики Вістула (Польща); Технологічний бізнес-інкубактор в м. Стальова Воля (Польща), Академія Леона Козмінські (Польща), Академія просвітництва (Грузія).
Завдяки тому, що інститут бере активну участь в реалізації на Україні проектів Peace Cоrps of the United States i Civil Education Project, в інституті, починаючи з 1994 року, працюють викладачі з США.
На базі інституту регулярно проводяться регіональні та міжнародні науково-практичні конференції з проблем економіки, фінансів, впровадження інформаційних систем у різні галузі життя суспільства, зокрема: V Міжнародний науково-практичний семінар «Структурно-інституціональна трансформація та безпека економіки регіонів в процесі модернізації держави», 27-28 травня 2012 р. IV Міжнародний науково-практичний семінар «Проблеми соціально-економічного розвитку регіону в умовах глобалізації», 21-22 травня 2011 р. III Міжнародний науково-практичний семінар “Стратегії протидії зовнішнім та внутрішнім загрозам економічній безпеці: регіональний вимір”, 28-29 травня 2010 р. На цих та інших наукових семінарах та конференціях викладачі та студенти інституту мають можливість знайомитись з сучасними напрямками розвитку економічної науки та практики, завдяки участі в них провідних українських спеціалістів: академіків НАН України В.М. Гейця, Е.М. Лібанової, О.І Амоші, президента Академії фінансового управління д.е.н., професора Т.І. Єфименко та ін.
Інститут також регулярно запрошує для проведення лекцій провідних західних фахівців у галузі економіки та комп’ютерних технологій.